Program Studi S2 Pendidikan Sains PPs UNY berhasil meraih akreditasi B dengan nilai 345 berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) No: 016/BAN-PT/Ak-IX/S2/2011 yang ditetapkan pada tanggal 23 September 2011. Prof. Dr. Zuhdan K. Prasetyo selaku Ketua Program Studi Pendidikan Sains merasa cukup puas walaupun belum sesuai dengan yang diharapkan, dikarenakan skor yang diraih hampir mendekati A. Proses visitasi akreditasi Program Studi Pendidikan Sains dilakukan oleh 2 asesor dari BAN-PT yaitu, Prof. Dr. Prabowo dan Dra.