Universitas Negeri Yogyakarta dengan tugas utamanya di bidang disiplin ilmu pendidikan, pendidikan disiplin ilmu, dan ilmu lainnya memiliki kepedulian tinggi terhadap pembinaan dan pengembangan pendidik dan tenaga kependidikan lainnya sehingga memiliki kualifikasi akademik dan kompetensi yang unggul sesuai dengan tuntutan perubahan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni serta perkembangan masyarakat modern. Upaya untuk meningkatkan kualifikasi widyaiswara, kepala sekolah dan pengawas, Program Pascasarjana Universitas Negeri Yogyakarta menyiapkan konsentrasi program penjaminan mutu pendidikan, yang didukung oleh: (1) para dosen (Guru Besar) dalam bidang Manajemen Pendidikan (MP), Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP), Pendidikan Teknologi dan Kejuruan (PTK); (2) kepemilikan fasilitas perkantoran, perkuliahan, sarana olah raga berstandar internasional, gedung perkuliahan dan laboratorium; (3) rencana modernisasi kampus yang didanai bantuan Islamic Development Bank (IDB) yang pembangunannya direncanakan mulai tahun 2009; (4) tersedianya infrastruktur ICT di kampus yang memungkinkan modernisasi sistem pembelajaran, on-line management, e-learning dan virtual library sehingga mutu proses dan hasil pembelajaran akan semakin meningkat, efektif dan efisien. Kondisi seperti itu memungkinkan dibukanya prodi baru yang memiliki kredibilitas sangat memadai.

Program Pascasarjana, khususnya Program Studi MP, PEP, dan PTK, UNY memiliki komitmen tinggi terhadap kemajuan pendidikan, terutama kualitas manajemen pendidikan dengan berbagai aspeknya. Berbagai usaha dan kerjasama dilakukan sebagai upaya meningkatkan mutu institusi dan sebagai usaha meningkatkan profesionalisme tenaga pendidik dan kependidikan, baik di tingkat manajerial maupun di tataran praktis.

Perhatian yang besar ditujukan pada usaha meningkatkan profesionalisme kepala sekolah, pengawas, dan widyaiswara. Hal ini dapat difahami karena mereka  sebagai pemimpin pendidikan yang dapat menumbuhkan budaya mutu sekolah sekaligus dapat menjamin mutu  agar terus terpelihara dan terkembangkan.

Menyikapi perubahan lingkungan strategis yang mempengaruhi perkembangan tataran operasional pada tingkat kelembagaan pendidikan, khususnya sekolah, para kepala sekolah dan pengawas dalam melaksanakan tugasnya sehari-hari dituntut untuk benar-benar profesional. Kepala sekolah adalah administrator dan supervisor pendidikan. Ia  memiliki peran ganda dan utuh sebagai seorang pemimpin, manajer, pendidik, wirausahawan, pembentuk iklim kerja, penjamin mutu, bahkan seorang inovator.

Orientasi praktik manajemen yang mereka lakukan tidak cukup sebatas mengoperasikan mesin birokrasi secara mekanis, tetapi dituntut untuk berorientasi pada mutu, kemandirian, dan perubahan. Dengan kata lain, profil seorang kepala sekolah, widyaiswara, dan pengawas di masa depan adalah pribadi yang memiliki integritas kuat, berwawasan luas, dilengkapi dengan kemampuan profesional dan kecakapan teknis yang memadai.

Untuk menyikapi fenomena kehidupan sekolah yang semakin bermutu, maka perlu  diselenggarakan Konsentrasi Keahlian Penjaminan Mutu Pendidikan pada program studi  Magister S2 Manajemen Pendidikan yang diperuntukkan bagi para widyaiswara (dan calon widyaiswara), kepala sekolah, dan pengawas agar mereka memiliki tingkat profesionalitas yang tinggi secara keilmuan dan menguasai lapangan pekerjaan secara akuntabel.

Sinergi antara Program Studi Manajemen Pendidikan (MP), Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP), dan Pendidikan Teknologi Kejuruan (PTK) Program Pascasarjana (PPs) Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) dengan Dirjen Peningkatan Mutu Pendidik dan Tenaga Kependidikan (PMPTK) memiliki kepedulian yang tinggi terhadap usaha peningkatan mutu  pendidikan dengan merealisasikan program peningkatan kualifikasi widyaiswara pada LPMP, pengawas, dan kepala sekolah. Hal  tersebut menjadi pijakan kerjasama mutualistik antara Ditjen PMPTK dengan PPs UNY dalam meningkatkan kualifikasi dan profesionalitas para widyaiswara dan calon widyaiswara. Bentuk kerjasama itu berupa keikutsertaan mereka dalam studi lanjut di program studi S2 bidang keahlian Penjaminan Mutu Pendidikan di PPs UNY.

Untuk meningkatkan kualitas, kredibilitas, dan usaha  internationally recognizable graduate program dalam membangun pusat keunggulan (the center of excellence) bidang penjaminan mutu pendidikan, program tersebut dilaksanakan bekerjasama dengan Faculty of Education, Royal Melbourne Institut of Technology (RMIT), Australia; dengan pola 3-1 yaitu 3 semester di UNY dan 1 semester, yaitu semester ke-3, di RMIT.