Program Pascasarjana Universitas Negeri Yogyakarta kembali meluluskan Doktor ke-4 pada Prodi Ilmu Pendidikan. Dr. Subiyantoro berhasil menyelesaikan Disertasinya yang berjudul "Pengembangan Pola Pendidikan Nilai Humanis-Religius pada Diri Siswa Berbasis Kultur Madrasah di MAN Wates 1 Kulon Progo" dengan masa studi 50 bulan. Penelitian yang beliau ambil bertujuan untuk menemukan pola pendidikan nilai humanis-religius berbasis kultur madrasah di MAN Wates 1 Kulon Progo. Secara spesifik  penelitian  beliau bertujuan untuk (1) mengetahui karakteristik nilai-nilai humanis-religius siswa di Madrasah Aliyah se- Kabupaten Kulon Progo, (2) mengetahui pola pendidikan nilai yang telah diterapkan, (3) menemukan pola pendidikan nilai humanis-religius yang efektif di madrasah, dan (4) mengetahui perubahan yang terjadi di madrasah dan siswa setelah dilakukan pendidikan nilai humanis-religius.

Hasil penelitian lulusan Doktor ke-74 PPs UNY ini meliputi, (1) Aktualisasi nilai humanis-religius para siswa pada pendidikan Madrasah Aliyah di Kulon Progo masih rendah. Hal tersebut ditunjukkan adanya karakteristik nilai religiusitas siswa yang tidak utuh, yakni baru sebatas dimensi "ritual" dan dimensi "ilmu". Dimensi "iman", "eksperiensial", dan "konsekuensial" belum menyatu utuh dalam diri siswa. (2) Pola pendidikan nilai humanis-religius yang dilaksanakan pada pendidikan  Madrasah Aliyah yang ada di Kulon Progo, masih terbatas pada pola-pola pendidikan konvensional seperti yang dikenal pada madrasah pada umumnya. (3) Pengembangan pola pendidikan nilai humanis-religius pada diri siswa berbasis kultur madrasah ini, diikuti langkah-langkah: (a) memotret kultur madrasah, yang meliputi material culture dan behavioral culture, yang pada akhirnya ditemukan kultur positif dan negatif; (b) penentuan visi dan misi madrasah, yang berdasar visi tersebut, ditentukan misi dalam wujud rancangan program dalam bidang artifak; dan (c) pendidikan nilai humanis-religius dirancang dan dilaksanakan melalui saluran kultur madrasah. (4) Hasil perubahan yang terjadi pada perilaku siswa setelah dilakukan treatment pengembangan kultur madrasah adalah sebagai berikut: (a) Aktualisasi nilai religius meningkat. Hal tersebut ditandai dengan pelaksanaan shalat meningkat, terutama frekuensi kelengkapan shalat lima waktu dan shalat malam. Peningkatan tersebut juga diikuti dimensi-dimensi yang lain, yakni dimensi iman, dimensi penghayatan, dimensi ilmu dan dimensi konsekuensi keagamaan. Aktualisasi nilai humanis meningkat. Hal tersebut terlihat pada peningkatan aktualisasi nilai kebebasan bertanggung jawab, nilai kejujuran, nilai kedisiplinan, nilai rasa aman serta kreativitas siswa. (b) Sikap peserta didik menjadi lebih "terbuka" dan "dekat" dengan pendidik. Hal ini membuka peluang bagi pendidik untuk melakukan pendampingan dalam mencapai tujuan pendidikan yang lebih optimal. (c) Temuan di lapangan menunjukkan bahwa, ada sekelompok siswa yang sulit mengikuti norma-norma yang ada, baik norma agama, norma sosial, maupun norma ketertiban madrasah. Hal tersebut lebih disebabkan oleh karakter siswa yang terbentuk terutama dari faktor keluarga dan teman pergaulan siswa. Sekelompok siswa tertentu dalam pola pendidikan, memerlukan media pendidikan yang lain, tidak bisa diperlakukan secara umum seperti siswa pada umumnya.